2018年10月、第4次安倍改造内閣で科学技術担当相に初入閣した平井卓也が、科学的裏付けのない有用微生物群（EM菌）の普及を目指す超党派「有用微生物利活用推進議員連盟」の幹事長を兼務していることが判明した。
平井は「EM菌を使っている方がたくさんいるので幹事長を引き受けた。中身はよく知らない」と釈明し、EM菌の科学的効果について明言を避けた。
批判を受け、平井は同議連の解散を検討する意向を示した。
出典
一昨日（2日）の記事に平井卓也の悪口を書いたが、私は平井卓也の名前を聞いただけで切れてしまう人間なので、入閣と聞いて頭に血が昇った。だから平井の過去の悪行を調べ直すなどの手間を省いて発作的に記事を書いてしまった次第だが、この男はまず地方政治家にあるまじき新自由主義志向の「改革派」で（何といっても初めて衆院選に出馬した時平井を公認した政党はあの小沢一郎の新進党だった）、ドラ息子の不祥事の報道をもみ消そうとしたり（週刊文春買い占め事件など）、最近では（といってももう5年前のようだが）福島瑞穂への「黙れ、ばばあ！」の一件があったりと、「香川の安倍晋三」的な印象を持っている。その平井が「岸田派」らしい…
科学技術担当相の平井卓也氏が、科学的根拠の乏しいEM菌の利用を推進する「有用微生物利活用推進議員連盟」（EM議連）幹事長を兼務していたことへの批判を受け、同議連の解散を検討していると報じた記事。
疑似科学の判定サイトGijika.comによるEM菌（有用微生物群）の評定記事。理論・データ・社会的観点の10項目すべてで低評価とし、総評として「疑似科学」と結論づけている。