畝本直美検事総長の在任中、検事による重大な不祥事が相次いだ。2026年7月29日、東京地検特捜部の西田将仁検事が捜査対象だった女性との性的関係やホテルの私的利用を理由に懲戒免職となり、上司2人も監督責任で訓告・厳重注意を受けたが、会見で最高検の山元裕史次長検事は「第三者委員会を設置して検証する必要があるとは考えていない」と追加調査を否定した。同年6月24日には東京地検特捜部の堀木博司検事が取り調べ中の暴言を理由に特別公務員暴行陵虐罪で付審判（刑事裁判）決定を受けており、大阪地検特捜部の田渕大輔検事に続く同種の事例となった。畝本氏は2026年8月12日の退任会見で「検察運営の最終責任者として誠に遺憾であり申し訳ない」と陳謝したが、それ以上の組織的検証は行わなかった。
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法務省は2026年7月29日、東京地検特捜部に在籍していた西田将仁検事を、捜査対象だった女性との性的関係や公費確保のホテルの私的利用を理由に懲戒免職処分とした。当時の上司2人も監督責任で訓告・厳重注意を受けた。最高検の山元裕史次長検事は第三者委員会設置の必要性を否定した。
東京地裁は2026年6月24日、取り調べ中に被疑者を怒声で威圧・侮辱したとして、東京地検特捜部の堀木博司検事を特別公務員暴行陵虐罪で審判に付す決定をした。大阪地検特捜部の田渕大輔検事に続く付審判決定。
女性初の検事総長を務めた畝本直美氏（64）が12日、東京・霞が関の最高検で退任記者会見に臨み「多くの方々に支えられたおかげで、この日を迎えられた」と話した。検事の懲戒処分といった不祥事の続発には「